Několik poznámek:
1) Mitochondrie má vlastní DNA. Je to v podstatě modifikovaná prokaryotická buňka uvnitř eukaryotické. Když dojde ke zničení všech mitochondrií v buňce, nové nevzniknou, ty mohou vzniknout pouze z mitochondrie dělením. Dědí se pouze od matky. (Obdobné je to s chloroplasty u rostlin.)
2) PCR není nic jiného než metoda namnožení určitého úseku DNA, který začíná a končí určitými krátkými sekvencemi, tzv. primery (typicky 5, 10 až 30 bází). Bez rozdílu, jaké sekvence jsou mezi nimi. V tzv. PCR testech se potom určuje délka těch namnožených řetězců elektroforézou v gelu nebo určením tzv. teploty tání - to záleží na konkrétní metodě. PCR pro RNA se dělá tak, že se nejprve RNA přepíše do DNA a to se množí pomocí PCR, tomu se říká RT-PCR - RT jako reverzní transkripce (nikoliv real time).
Pokud se povede namnožit DNA a délky řetězců odpovídají, bere se to jako pozitivní výsledek testu. Takže test na určitého patogena musí být dobře postaven, aby to nešlo splést s jiným organismem (to může být třeba i nějaký vdechnutý pyl v případě nosního výtěru) nebo s vlastním tělem.
Představte si, že budu chtít identifikovat svůj text v prvním odstavci tohoto příspěvku. Udělám test, že budu hledat všechny řetězce na Internetu, které začínají slovem "Mitochondrie", končí "dělením." a jsou dlouhé 215 znaků. Může se stát že takový řetězec najdu a vůbec to nebude ten můj text.
Ne všechny známé organismy jsou sekvenované. U velkého množství jsou sekvenované úseky DNA pro ribozomální RNA, nikoliv celý genom. Proto nemohu vyloučit, že ty PCR testy mohly vyjít pozitivně pro papáju (ale třeba na povrchu ten virus byl, nebo tam byl jiný organismus).
Vím, že pan Mullis, objevitel metody PCR, za což obdržel Nobelovu cenu, varoval před nadužívání této metody v diagnostice patogenů.
Na co je ale metoda PCR výborná, to je vyloučení přítomnosti DNA patogenu. Ovšem pouze v případě, kdy se vhodně odebere vzorek - když ho odeberu z místa, kde patogen není, tak ho logicky ve vzorku nenajdu, ale může být jinde.
